Les Directions Transversales assurent l'appui administratif, financier, juridique, technique et logistique de l'ensemble des structures du Ministère. Elles garantissent le bon fonctionnement institutionnel et permettent aux directions opérationnelles de se concentrer sur leurs missions pédagogiques.
La Direction des Affaires Financières (DAF) a pour mission de gérer de manière rationnelle les ressources financières et administratives du Ministère, en assurant la programmation, l'exécution et le contrôle des dépenses budgétaires.
La Direction des Ressources Humaines (DRH) a pour mission de gérer le personnel du Ministère, d'assurer la gestion prévisionnelle des emplois et compétences, et de veiller au bien-être des agents.
La DPSE a pour mission de consolider le Plan de Travail Annuel du Ministère, d'en assurer le suivi trimestriel et l'évaluation annuelle, tout en coordonnant les relations avec les partenaires financiers.
La Direction des Affaires Juridiques (DAJ) a pour mission d'éclairer le Ministère en matière juridique, d'appuyer l'élaboration des textes législatifs et réglementaires, et d'assurer la défense des intérêts du Ministère devant les instances compétentes.
La DIFP est chargée de la conception, de la rénovation et du pilotage des formations dispensées dans les établissements relevant du METFP. Elle assure la veille prospective sur les compétences et pilote les démarches d'accréditation.
La DIDN assure le bon fonctionnement des moyens informatiques, réseaux et télécommunications du Ministère. Elle veille à la disponibilité et l'optimisation des ressources matérielles et logicielles, et pilote la mise en œuvre du Programme de l'E-Gouvernance.
La Direction du Patrimoine et de la Logistique (DPL) est chargée de la gestion, de la maintenance et de la valorisation du patrimoine immobilier et mobilier du Ministère, ainsi que de l'appui logistique aux différentes structures.